自体免疫疾病
不同间充质干细胞分泌的细胞因子和生长因子也有所不同，临床研究中也会有不同的治疗疾病。总而言之，脐带、胎盘是临床应用的的种子细胞来源，在再生医学研究领域应用广泛，临床前景广阔。脐带及胎盘是婴儿出生时唯一一次获取高质量、高纯度间充质干细胞的机会。脂肪间充质干细胞（Adipose-derived Mesenchymal Stem Cells, ADSCs）是来源于脂肪组织的干细胞，与其它成体干细胞一样具有增殖和多向分化的能力，在导条件下可以分化成为神经细胞、免疫细胞、胰岛细胞、肌细胞、肝细胞、软骨细胞、基质细胞。脂肪间充质干细胞，取材容易，来源，脂肪中干细胞浓度高出骨髓500倍以上，细胞性状较其他干细胞培养更加稳定，，分化能力强大，在特定条件下可定向导分化为各个系统的功能细胞。而且脂肪干细胞不会根据人的年龄增长而活性下降，相对比其他来源的干细胞，脂肪干细胞更加稳定。
间充质干细胞 (MSC) 可来源于多种组织，包括脂肪组织（脂肪）、骨髓、脐带组织、血液、肝脏、牙髓和皮肤。MSC可以分化成组织特异性干细胞，包括骨骼细胞、软骨细胞、心肌细胞、脑细胞和脂肪组织。虽然MSC 通常不被认为是神经细胞，但一些研究表明，MSC 在特定条件下可以分化为具有神经特征的细胞。一项研究发现，用特定生长因子处理并暴露于神经导培养基的MSCs可以分化成具有神经元和神经胶质细胞特征的细胞，神经胶质细胞是支持和保护神经系统神经元的细胞类型。
人体依靠干细胞的增殖和程序性细胞死亡来控制体内细胞的动态平衡，使新老细胞交替，体内细胞更新的能力反映了人体的健康状况和活力。由于干细胞是所有细胞的起源细胞，其增殖和分化是维持体内细胞动态平衡的重要机制，因此及时移植干细胞，将系统地提高全身细胞的更新能力，增强细胞活性，全面改善组织、器官功能。
干细胞移植是一种程序，患者接受健康的干细胞来替换受损的干细胞。干细胞可能来自患者自己的身体（自体）或来自捐赠者（同种异体）。在移植之前，患者会接受高剂量的化学疗法，有时还会接受放射疗法，为身体移植做好准备。接下来是清除骨髓干细胞并替换它们。自体干细胞移植比同种异体移植具有一些优势，例如潜在的血癌。干细胞移植用于治疗患有危及生命的癌症或由异常血细胞引起的血液病，例如几种类型的白血病、淋巴瘤和睾丸癌。